传说苗族医药学起源于母系氏族社会。湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县有个祖传八代的著名苗医大师，名叫龙玉六，他在生前根据对小时师父画像的回忆，复制了一张“喔登嘎像”，他用汉话解释为“母药王像”。其画像是一个古老时代的女人，皮肤有毛，上身裸露，下穿树叶，垂乳，赤脚，手持医具，充分表现了为子孙后代祛病保身的慈母之心，也表现了苗族人对本民族医药学渊源的追溯之意。用社会发展的眼光来看，苗族的母系氏族早于父系氏族一两千年。在这漫长的年代里，由于母亲对子女后代的病痛伤损问题思想负担最重，当然她们就会首先研究医药，并会有所发现、发明、发展和更新，这是苗族医药学发源的必然规律。
苗医认为他们的始祖是喔爸嘎（意为公药王或药王爷爷），能飞行于山谷之间“岔芮岔嘎”，口尝百草等，与“神农尝百草以制医药”类同，也与《山海经》记载的“十巫”采药为医同意。西汉刘向在《说菀》中所说的“古之为医者曰苗父”的“为医者”，是讲以行医为主要职业的人；“苗父”，则是指苗族中有较高医药学术水平的苗族老人，如“公药王”、“药王爷爷”、“巫彭”及“十巫”之类著名的苗医始祖。而“苗父”，也绝不是单指某一个人，而是对多个老苗医的统称。
九黎部落在蚩尤为首领的时期，以农业为主的社会经济初具规模。尤其在山东至河南一带，出现了具有古城市气派的繁华景象。因此才引起黄河上游甘陕黄土高原之炎帝部落和黄帝部落的东进，从而才发生多次较持久的九黎部落与炎、黄部落的战争。在这些战争过程中，苗族早期的医药学不但能发挥一定的治疗作用，而且其本身也可得到较快的发展。《说文》云：“古者，巫彭初作医”。《山海经·大荒西经》云：“大荒之中……有灵山。巫咸，巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗十巫，从此升降，百药爰在”。《山海经·海外西经》云：“巫咸国在女丑北，右手操青蛇，左手操赤蛇，在登葆山，群巫所上下也”。《山海经·海内西经》又云：“开明东有巫彭、巫抵、巫阳、巫履、巫凡、巫相、夹XX窳（qǐ yǔ）之尸，皆操不死药以拒之”。《山海经·图赞》云：“群有十巫，巫咸所统，经技是搜，术XX是综，采药灵山，随时登峰”。《世本》云：“巫彭作医”；《吕氏春秋·勿躬》也云：“巫彭作医”；《说文）云：“古者，巫咸初作巫”；西汉刘向《说菀》云：“吾闻古之为医者曰苗父。苗父之为医也，以营为席，以刍为狗，北面而视，发十言耳。诸扶之而来者，举而来者，皆平复如故”；《列子》云：“黄帝时，有神巫，自齐来，处于郑，命巫咸”；《太平御览》卷七九引《归藏》云：“黄神与炎神争斗涿鹿之野，将战，筮于巫咸。巫咸曰：‘果哉而有咎’。”从这些经史文献来看，一方面足以说明巫彭、巫咸等众苗父都是九黎部落时的苗族医药先祖；另一方面也反映了他们不畏艰险，敢与青蛇、赤蛇等天敌搏斗，升降于险山峻岭之间采药，以及精心为各类轻重病人治疗的动人场面；还反映他们的医疗质量也达到能使轻重病人“皆平复如故”的高妙程度。这与苗族民间传说的喔爸嘎长年飞越于恶山陡水之间，尝遍千虫百草，精心研制医药，治疗十万八千个患病痛灾星的“代熊代夷”（苗族于孙），基本是一个类型。
“三苗”时期，苗族医药学出现了革新的势头。湘西《苗族历史讨论会论文集·湖南城步苗族族源试探》说，阿濮仆僮和欢兜都是首先开采辰砂染衣、为药的革新人物。
战国时代的楚国，苗族医药学发展至一定的高度，从屈原在湘黔苗地的著述来看，不但记载申椒、女萝、三秀、玉英、石兰、鹿、牛腱、琼浆、蜂、蛾、蝮蛇等150多种苗药。还根据事物生成“三生万物”及“阴阳三合”的原理，在《惜通》中记述了用“申椒”、“木兰”、“穗草”组成的治疗心绞痛的药方。此外亦记载了苗医的挂药疗法，吞服自然药汁法，粉散术，浴疗术，治神术等。他还指出人体的惠气，是抗御瘟神的能量，《大司命》中所说的“高飞兮安翔，乘清气兮御阴阳……愁人兮奈何，愿若今昔无兮，故人命兮有当，何离合兮可为”等，充分地表露了苗医破均衡的医学思想和大无畏的非天命观，为后来苗族医药学的发展立下了基础。
清朝“改土归流”以后，苗族医药学得到汉文化的影响，因而在理论上或医疗技术上都有新的起色。如《苗族简史》记：“十九世纪末，松桃厅地甲司苗族医师龙老二，能为孕妇剖腹取胎，经治疗一个月，孕妇就恢复了健康”；雷公山苗族医生治疗蛇伤可谓里手，并能在短期内治疗能致人死命的疔、痈、疽和毒疮。光绪《凤凰厅志》记载：“苗医用苗药……或吞或敷，奏效最捷”，“苗医治麻风医术颇高”。云南《马关县志》卷二《风俗篇》记：“苗人……有良药，接骨生筋，其效如神”。苗医大师龙玉六的师父廖天登，就是清朝湘西凤凰道台的医官，最善用鹿马脉诊病，精通人体解剖结构。
解放后，苗族医药学也相应有所发展，尤其是1985年中央发出抢救民族医药学遗产的号召以来，各地都认真地对苗族医药学进行发掘整理，取得可喜成绩。这也激奋了众多热爱本民族的仁人志士，他们以有此民族奇葩而自豪，个个热情满腔，亲密团结，共同奋战，争取尽快把苗族医药学拥上新台阶。